在中心副主任、猪品种培育与繁殖创新平台主任熊远著院士带领下，按照“外来品种本地化，本地品种国际化，利用国、内外两类猪种资源，培育适合市场需求的新品种（系）”育种思路，进行了猪功能基因组、重要经济性状遗传基础研究，参与完成了猪的全基因测序（Nature, 2012），发掘了一批影响猪重要经济性状的功能基因；自主开发了种猪一步法GBLUP育种分析软件，创新了四系法种猪育种等关键技术体系，开展了猪新品种（系）培育，在一定程度上打破了我国原种猪依赖进口的局面。温氏集团联合华南农业大学、华中农业大学等单位选育的“华农温氏Ⅰ号猪配套系”在2006年审定的基础上性能水平进一步得到提高，2013年肉猪饲料转化率和日增重分别达2.49:1和928g，与我国饲养的世界最大种猪企业PIC配套系相比，饲料转化率高7.7%，生长速度快12.8%。该配套系在全国26个省推广应用，累计出栏肉猪6308万头，实现产值941亿元、经济效益141亿元。此外，扬翔集团通过协同创新，利用广西陆川猪的优良地方资源培育出“龙宝猪”配套系，于2013年1月通过国家猪新配套系审定。

中心组建以来，获得了猪分子育种领域的国家授权专利21项，持续选育了13个专门化品系，获得了国家新品种（配套系）证书1 个；协同完成的“猪产肉性状相关重要基因发掘、分子标记开发及其育种应用”2012年获国家技术发明二等奖一项；“高效瘦肉型猪新配套系培育与产业化应用”2013年获大北农科技一等奖。